Su Toponimia proviene de las raíces náhuatl: "chololoa", lo que significa "despeñarse el agua". El sitio que actualmente ocupa la ciudad de Cholula muestra indicios de ocupación humana por lo menos desde el Preclásico medio mesoamericano (ss. XII-IV a. C.),3 lo que representa una ocupación continua desde hace más de 30 siglos.

La antigua Cholollan fue un importante centro ceremonial de Mesoamérica, manteniéndose hasta la gran matanza cholulteca, como el lugar de iniciación de sacerdotes y personalidades de diversas culturas.

Hernán Cortés ayudado por guerreros tlaxcaltecas, durante seis días en octubre de 1519 cometió genocidio sobre la población, varios días de matanza fueron suficientes para aniquilar a la población civil, dignatarios y oficiales. El Conquistador creyó observar preparativos para atacarlos porque la ciudad estaba desierta y sobre los techos de las casas había montículos de piedras, además, Cortés justifico la masacre diciendo que Moctezuma tenía a las afueras de la ciudad un ejército de veinte mil hombres que en asociación con los Cholultecas pretendían atacar a los españoles y a sus aliados.Se afirma que tantos fueron los muertos que las calzadas y patios de los altares se tiñeron de rojo, corriendo la sangre como si fuera un día de lluvia. Después del sangriento exterminio cholulteca, del 19 al 23 de octubre de 1519, el capitán Diego de Ordaz de las fuerzas conquistadoras ascendió al Popocatépetl ante el asombro de los indígenas que lo acompañaban. Recogió azufre para fabricar pólvora.

El 13 de febrero de 1895 por Decreto del XIII Congreso Constitucional del Estado y en honor del presidente argentino Bernardino Rivadavia —que nunca conoció la ciudad— se rindió tributo a su memoria, asignándole su nombre al entonces Distrito con cabecera en San Pedro Cholula, confundiéndose desde entonces la designación hecha a la circunscripción del distrito con el nombre de la antigua ciudad. De acuerdo con el Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, el nombre de la cabecera del municipio de San Pedro Cholula es Cholula de Rivadavia.

Durante varias décadas del pasado siglo, el gobierno municipal fue reñido por tres grupos políticos locales, con suficiente influencia para someter el crecimiento urbano de la metrópoli a su capricho. En algunos de los casos, el gobierno municipal perdió sus bienes, se destruyeron vestigios arquitectónicos y se perdieron los amplios atrios y huertas de los templos, que gracias a la complacencia o complicidad de las autoridades que permitieron que los bienes comunes o públicos pasaran a propiedad privada.

Iglesia de Nuestra Señora de los Remedios, construida en la parte superior de la Gran Pirámide.