La Capilla Real de Naturales fue edificada en 1540 con el propósito de impartir doctrina a los indígenas. Su edificacion tiene influencia de mezquitas arábigas, mientras que su techo causa admiración por la formación de 49 cúpulas en siete naves del templo. En su interior aún conserva una pila de agua bendita, la cual muestra rasgos indígenas y franciscanos.